Marzo 1, 2024

Inibizione della metilazione del DNA da parte di agenti cancerogeni chimici in vitro

Il ruolo dell’eta DNA polimerasi nello spettro delle mutazioni UV nelle cellule umane.Nell’uomo, l’inattivazione del gene della DNA polimerasi eta (pol eta) provoca sensibilità alla luce solare e provoca la variante incline al cancro xeroderma pigmentoso (XP-V). Le cellule degli individui XP-V hanno una ridotta capacità di replicare il DNA danneggiato dalle radiazioni UV e mostrano ipermutabilità dopo l’esposizione alle radiazioni UV.

  • I test biochimici hanno dimostrato la capacità della trama di bypassare   i dimeri cis-syn-ciclobutano della timina  ,   il danno al DNA più comune generato dai raggi UV. Nella maggior parte dei casi, questa soluzione è impeccabile. Per determinare l’effettiva domanda di campo in vivo, le cellule XP-V (XP30RO) sono state integrate con il gene della poleta di tipo selvaggio.
  • Abbiamo utilizzato due   cloni corretti sul campo  per studiare la caratterizzazione in vivo delle mutazioni prodotte dalle DNA polimerasi durante la sintesi del DNA di vettori navetta irradiati con UV trasfettati in cellule ospiti umane che erano o non erano state precedentemente esposte a radiazioni UV.
  • Il rifornimento funzionale delle cellule XP-V da parte dei grafici ha ridotto la frequenza di mutazione nelle coppie di basi CG e TA e ripristinato la mutagenesi UV a livelli normali. L’irradiazione UV delle cellule ospiti prima della trasfezione ha notevolmente aumentato la frequenza di mutazione nei vettori intatti e, inoltre, specialmente nelle cellule XP30RO carenti di pulci nei siti 5′-TT dei plasmidi irradiati con UV.
  • Questi risultati dimostrano chiaramente il ruolo protettivo della trama contro i cambiamenti indotti dalla radiazione UV e l’attivazione di processi mutageni indipendenti dalla trama da parte degli UV.

Clonazione molecolare del gene di riparazione umano mediante escissione del nucleotide ERCC4.

  1. ERCC4 è stato precedentemente identificato negli ibridi di cellule somatiche come un gene umano che corregge una carenza di riparazione dell’escissione nucleotidica nelle cellule di criceto mutanti. La strategia di clonazione ERCC4  prevedeva la trasfettazione della linea cellulare di criceto carente di riparazione UV41 con una libreria cosmidica umana sCos-1 derivata dal cromosoma 16.
  2. È stata osservata una maggiore resistenza ai raggi UV con un trasformante dalla libreria dei cosmidi e due trasformanti secondari UV41. I cloni cosmidi che  ospitano un gene ERCC4 funzionale sono stati isolati dalla libreria trasformante secondaria mediante selezione in Escherichia coli per esprimere il gene di resistenza alla neomicina fuso che era presente nel vettore sCos-1.
  3. Cosmidi mappati su 16p13.13-p13.2, una posizione assegnata a ERCC4, utilizzando ibridi di cellule somatiche. Dopo la trasfezione in UV41, i sei   cloni cosmidi  hanno fornito correzioni parziali che vanno dal 30% al 64%, sebbene tutti sembrassero contenere l’intero gene  . La capacità di asportare in vitro   i dimeri  di timina    da un plasmide mediante estratti cellulari trasformanti è qualitativamente correlata con l’aumentata resistenza alle radiazioni UV.

Effetto delle radiazioni ultraviolette (UV) A, UVB o ionizzanti sul ciclo cellulare delle cellule di melanoma umano.

  • Uno dei componenti importanti di una risposta cellulare alle radiazioni è l’attivazione dei checkpoint del ciclo cellulare. È noto che sia la radiazione ultravioletta (UV) che quella ionizzante (IR) possono attivare checkpoint nel passaggio dalla fase G (1) alla fase S, da G (2) alla mitosi e durante la replicazione del DNA.
  • Valutazione dell’impatto dell’irradiazione con diverse lunghezze d’onda sulle variazioni del ciclo cellulare.
  • Le cellule di melanoma IPC-298 carenti di p53 sono state irradiate con 10 J cm (-2) UVA, 40 mJ cm (-2) UVB o 7,5 Gy IR. Gli effetti del ciclo cellulare sono stati quindi determinati mediante citometria a flusso di DNA/5-bromodeossiuridina a due parametri.
  • Le cellule IPC-298 irradiate in G (1) con UVA non sono state arrestate alla transizione G (1) / S, ma alla transizione G (2) / M. Nonostante la carenza di p53, le cellule hanno mostrato l’arresto di G (1) dopo l’esposizione ai raggi UVB. Inoltre, IR non ha influenzato la fase G (1) o S, ma ha causato un arresto della fase G (2). Quindi, l’effetto degli UVA, ma non degli UVB, sul ciclo cellulare nelle cellule di melanoma carenti di p53 è paragonabile a quello dell’IR.
  • UVA e IR inducono rotture del filamento e danni al DNA mediati dai radicali e UVB essenzialmente induce   dimeri  di timina    che portano a rotture del filamento associate alla riparazione dell’escissione. Diversi effetti del ciclo cellulare possono essere una conseguenza di diversi tipi di danno al DNA. I risultati hanno mostrato che le cellule carenti di p53 irradiate da UVB vengono mantenute in G (1). L’irradiazione con la componente solare della radiazione UVB può quindi ritardare vantaggiosamente la crescita del tumore nella pelle umana che porta   cloni cellulari  con la mutazione p53.

Fotochimica catalizzatrice dei desossiribozimi: fotoriparazione   di dimeri  di timina   dipendenti e indipendenti dal cofattore.

  • Le strategie sperimentali di selezione in vitro progettate per testare la validità dell ‘”ipotesi del mondo dell’RNA” hanno mostrato una gamma catalitica molto più ampia per l’RNA (e gli acidi nucleici in generale) rispetto ai ribozimi naturali.
  • Volevamo indagare se le reazioni fotochimiche potessero essere catalizzate dagli enzimi dell’acido nucleico. Sono stati effettuati esperimenti di selezione in vitro per ottenere deossiribozimi “fotoliasi” in grado di fotorevertire   i dimeri  di ciclobutano timina  in presenza del cofattore serotonina.
  • Durante la selezione in vitro dalla   timina  –  un dimero   contenente una libreria di DNA casuale irradiata con una luce > 300 nm, sono comparsi due pool di molecole di nuclei catalitici – uno che richiedeva serotonina per l’attività e l’altro, sorprendentemente, no. La caratterizzazione  dei cloni indipendenti dalla serotonina ha mostrato che la lunghezza d’onda ottimale per la loro attività di riparazione (circa 1400 volte) è di circa 300 nm, in particolare spostata verso il rosso dal massimo assorbimento del solo DNA.

Una vasta gamma di agenti cancerogeni chimici finali ha inibito il trasferimento di gruppi metilici dalla S-adenosilmetionina al DNA emimetilato in una reazione catalizzata dalla metiltransferasi della milza di topo.

  1. La formazione di siti labili alcalini nel DNA ha ridotto la sua capacità di accettare gruppi metilici in vitro, ma la reazione di metilazione era molto meno sensibile ai  dimeri  di timina    o alle rotture del doppio filamento  . Gli agenti cancerogeni hanno indotto la formazione di danno al DNA labile alcalino, ma il grado osservato di inibizione della metiltransferasi era superiore a quello previsto per questo danno da solo.
  2. Alcuni agenti cancerogeni sono stati anche in grado di modificare e inattivare direttamente l’enzima metiltransferasi. Il trattamento con benzo(a)pirene su cellule BALB / 3T3 A31 vive dal   clone   1-13, ma non con cellule C3H / 10T1 / 2   clone   8, ha comportato una diminuzione del 12% del contenuto totale di 5-metilcitosina nel DNA cellulare .

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GE5340-100 Glentham Life Sciences 100 87.1 EUR

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TB0943 Bio Basic 100g 101.76 EUR

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TBW00812 ChemNorm 100mg Ask for price

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Thymine-13C5

T412153 Toronto Research Chemicals 25mg 1800 EUR

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7’-O-(4,4’-Dimethoxytrityloxy)   morpholino thymine

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Thymine-d4

T412151 Toronto Research Chemicals 100mg 800 EUR

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T412152 Toronto Research Chemicals 100mg 173 EUR

Lenti ORF clone of Human thymine-DNA glycosylase (TDG), mGFP tagged

RC207113L2 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Lenti ORF clone of Human thymine-DNA glycosylase (TDG), mGFP tagged

RC207113L4 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

5,6-Dihydro Thymine

D449440 Toronto Research Chemicals 1g 230 EUR

Thymine DNA glycosylase (TDG) mouse monoclonal antibody, clone AT2F7, Purified

AM50036PU-N Origene Technologies GmbH 100 µl Ask for price

Thymine DNA glycosylase (TDG) mouse monoclonal antibody, clone AT2F7, Purified

AM50036PU-S Origene Technologies GmbH 50 µl Ask for price

1-(3’-O-[4,4’-Dimethoxytrityl]-alpha-L-threofuranosyl)-thymine

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3`UTR clone of thymine-DNA glycosylase (TDG) for miRNA target validation

SC216483 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Lenti ORF clone of Human thymine-DNA glycosylase (TDG), Myc-DDK-tagged

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Lenti ORF clone of Human thymine-DNA glycosylase (TDG), Myc-DDK-tagged

RC207113L3 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Tdg (GFP-tagged) - Mouse thymine DNA glycosylase (cDNA clone MGC:101905 IMAGE:6416434)

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MG206699 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

5,6-Dihydro Thymine-d6

D449442 Toronto Research Chemicals 1mg 2916 EUR

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Lenti ORF clone of Tdg (mGFP-tagged ORF) - Rat thymine-DNA glycosylase (Tdg), (10 ug)

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Thymine-​2-​13C-​1,​3-​15N2

T412149 Toronto Research Chemicals 100mg 661 EUR

Thymine DNA Glycosylase Antibody

E38PA3334 EnoGene 100ul 225 EUR

Lenti ORF clone of Tdg (Myc-DDK-tagged ORF) - Rat thymine-DNA glycosylase (Tdg), (10 ug)

RR206663L3 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Thymine-DNA Glycosylase (Recombinant)

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Thymine DNA Glycosylase (TDG) Antibody

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Thymine DNA Glycosylase (TDG) Antibody

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Thymine DNA Glycosylase (TDG) Antibody

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Thymine DNA Glycosylase (TDG) Antibody

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Thymine DNA Glycosylase (TDG) Antibody

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Thymine DNA Glycosylase (TDG) Antibody

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Thymine DNA Glycosylase (TDG) Antibody

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Thymine DNA Glycosylase (TDG) Antibody

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Thymine DNA Glycosylase (TDG) Antibody

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Thymine DNA Glycosylase (TDG) Antibody

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Thymine DNA Glycosylase (TDG) Antibody

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Thymine DNA Glycosylase (TDG) Antibody

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Thymine-alpha,alpha,alpha,6-d4

T412157 Toronto Research Chemicals 10mg 64 EUR

Lenti ORF clone of Tdg (mGFP-tagged) - Mouse thymine DNA glycosylase (Tdg), transcript variant 2

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Human Thymine DNA Glycosylase (TDG) ELISA Kit

RD-TDG-Hu-48Tests Reddot Biotech 48 Tests 625.2 EUR

Human Thymine DNA Glycosylase (TDG) ELISA Kit

RD-TDG-Hu-96T Reddot Biotech 96T 646.7 EUR

Human Thymine DNA Glycosylase (TDG) ELISA Kit

RD-TDG-Hu-96Tests Reddot Biotech 96 Tests 867.6 EUR

Human Thymine DNA Glycosylase (TDG) ELISA Kit

RDR-TDG-Hu-48T Reddot Biotech 48T 475.34 EUR

Human Thymine DNA Glycosylase (TDG) ELISA Kit

RDR-TDG-Hu-48Tests Reddot Biotech 48 Tests 652.8 EUR

Human Thymine DNA Glycosylase (TDG) ELISA Kit

RDR-TDG-Hu-96T Reddot Biotech 96T 679.04 EUR

Human Thymine DNA Glycosylase (TDG) ELISA Kit

RDR-TDG-Hu-96Tests Reddot Biotech 96 Tests 907.2 EUR

Mouse Thymine DNA Glycosylase (TDG) ELISA Kit

abx390736-500g Abbexa 500 µg 687.5 EUR

Guinea Pig Thymine DNA Glycosylase ELISA kit

E01A43399 BlueGene 96T 700 EUR

Chicken Thymine DNA Glycosylase (TDG) ELISA Kit

QY-E80147 Qayee Biotechnology 96T 511.2 EUR

TDG (untagged)-Human thymine-DNA glycosylase (TDG)

SC324192 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

TDG (untagged)-Human thymine-DNA glycosylase (TDG)

SC118135 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Chicken Thymine DNA Glycosylase, TDG GENLISA ELISA

KLC0285 Krishgen 1 x 96 wells 341 EUR

ELISA kit for Human TDG (Thymine DNA Glycosylase)

ELK3237 ELK Biotech 1 plate of 96 wells 518.4 EUR

TDG (GFP-tagged) - Human thymine-DNA glycosylase (TDG)

RG207113 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

TDG Thymine-DNA Glycosylase Human Recombinant Protein

PROTQ13569 BosterBio Regular: 20ug 380.4 EUR

Thymine DNA Glycosylase (TDG) Magnetic Luminex Assay Kit

LKU603892-96T Biomatik Corporation 96T 966 EUR

Tdg (untagged ORF) - Rat thymine-DNA glycosylase (Tdg), (10 ug)

RN206663 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

TDG (Myc-DDK-tagged)-Human thymine-DNA glycosylase (TDG)

RC207113 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Thymine DNA glycosylase (TDG) (C-term) rabbit polyclonal antibody

AP17780PU-N Origene Technologies GmbH 400 µl Ask for price

Thymine DNA glycosylase (TDG) (N-term) rabbit polyclonal antibody

AP17781PU-N Origene Technologies GmbH 400 µl Ask for price

1-(2'-O-4-C-Methylene-beta-D-ribofuranosyl)thymine

T19086-10mg TargetMol Chemicals 10mg Ask for price

1-(2'-O-4-C-Methylene-beta-D-ribofuranosyl)thymine

T19086-1g TargetMol Chemicals 1g Ask for price

1-(2'-O-4-C-Methylene-beta-D-ribofuranosyl)thymine

T19086-1mg TargetMol Chemicals 1mg Ask for price

1-(2'-O-4-C-Methylene-beta-D-ribofuranosyl)thymine

T19086-50mg TargetMol Chemicals 50mg Ask for price

1-(2'-O-4-C-Methylene-beta-D-ribofuranosyl)thymine

T19086-5mg TargetMol Chemicals 5mg Ask for price

1-(2'-O-4-C-Methylene-beta-D-ribofuranosyl)thymine

HY-111638 MedChemExpress 50mg 680.4 EUR

Thymine DNA glycosylase (TDG) rabbit polyclonal antibody, Aff - Purified

AP06727PU-N Origene Technologies GmbH 100 µg Ask for price

Recombinant Leishmania infantum Thymine dioxygenase JBP1 (JBP1), partial

CSB-EP390102LOF Cusabio 7308 mg Ask for price

Recombinant Leishmania infantum Thymine dioxygenase JBP1 (JBP1) ,partial

RPC27692-100ug Biomatik Corporation 100ug 801.9 EUR

Recombinant Leishmania infantum Thymine dioxygenase JBP1 (JBP1) ,partial

RPC27692-1mg Biomatik Corporation 1mg 2885.2 EUR

Recombinant Leishmania infantum Thymine dioxygenase JBP1 (JBP1) ,partial

RPC27692-20ug Biomatik Corporation 20ug 448.1 EUR

Thymine-alpha,alpha,alpha,6-d4 Glycol (mixture of diastereomers)

T211116 Toronto Research Chemicals 10mg 253 EUR

Tdg ELISA Kit| Mouse G/T mismatch-specific thymine DNA glycosyl

EF016379 Lifescience Market 96 Tests 826.8 EUR

Tdg (Myc-DDK-tagged ORF) - Rat thymine-DNA glycosylase (Tdg), (10 ug)

RR206663 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Recombinant Human G/T mismatch-specific thymine DNA glycosylase (TDG)

CSB-EP623816HU Cusabio 9190 mg Ask for price

Tdg (untagged) - Mouse thymine DNA glycosylase (Tdg), transcript variant 1, (10ug)

MC209506 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Tdg (untagged) - Mouse thymine DNA glycosylase (Tdg), transcript variant 2, (10ug)

MC209507 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

1-(3-beta-Azido-2,3-dideoxy-beta-D-threopenta-furanosyl)thymine

TNU0789-10mg TargetMol Chemicals 10mg Ask for price

1-(3-beta-Azido-2,3-dideoxy-beta-D-threopenta-furanosyl)thymine

TNU0789-1g TargetMol Chemicals 1g Ask for price

1-(3-beta-Azido-2,3-dideoxy-beta-D-threopenta-furanosyl)thymine

TNU0789-1mg TargetMol Chemicals 1mg Ask for price

1-(3-beta-Azido-2,3-dideoxy-beta-D-threopenta-furanosyl)thymine

TNU0789-50mg TargetMol Chemicals 50mg Ask for price

1-(3-beta-Azido-2,3-dideoxy-beta-D-threopenta-furanosyl)thymine

TNU0789-5mg TargetMol Chemicals 5mg Ask for price

1-(3-beta-Amino-2,3-dideoxy-beta-D-threopenta-furanosyl)thymine

TNU0790-10mg TargetMol Chemicals 10mg Ask for price

1-(3-beta-Amino-2,3-dideoxy-beta-D-threopenta-furanosyl)thymine

TNU0790-1g TargetMol Chemicals 1g Ask for price

1-(3-beta-Amino-2,3-dideoxy-beta-D-threopenta-furanosyl)thymine

TNU0790-1mg TargetMol Chemicals 1mg Ask for price

1-(3-beta-Amino-2,3-dideoxy-beta-D-threopenta-furanosyl)thymine

TNU0790-50mg TargetMol Chemicals 50mg Ask for price

1-(3-beta-Amino-2,3-dideoxy-beta-D-threopenta-furanosyl)thymine

TNU0790-5mg TargetMol Chemicals 5mg Ask for price

Epigenase Thymine DNA Glycosylase (TDG) Activity/Inhibition Assay Kit (Colorimetric) 

P-3094 EpiGentek
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  • 96 Assays
  • 48 Assays
  • 96 Assays

Tdg (Myc-DDK-tagged) - Mouse thymine DNA glycosylase (Tdg), transcript variant 2

MR223070 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Tdg (Myc-DDK-tagged) - Mouse thymine DNA glycosylase (Tdg), transcript variant 1

MR206699 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

Tdg (GFP-tagged) - Mouse thymine DNA glycosylase (Tdg) transcript variant 2, (10ug)

MG223070 Origene Technologies GmbH 10 µg Ask for price

1-(2'-Deoxy-5'-O-DMT-3'-O-nitrophenylsulphonyl-b-D-lyxofuranosyl)thymine

D210870 Toronto Research Chemicals 10mg 150 EUR

Lenti ORF particles, TDG (mGFP-tagged) - Human thymine-DNA glycosylase (TDG), 200ul, >10^7 TU/mL

RC207113L2V Origene Technologies GmbH 200 µl Ask for price

Lenti ORF particles, TDG (mGFP-tagged) - Human thymine-DNA glycosylase (TDG), 200ul, >10^7 TU/mL

RC207113L4V Origene Technologies GmbH 200 µl Ask for price

Lenti ORF particles, Tdg (GFP-tagged ORF) - Rat thymine-DNA glycosylase (Tdg), 200ul, >10^7 TU/mL

RR206663L4V Origene Technologies GmbH 200 µl Ask for price

Lenti ORF particles, TDG (Myc-DDK tagged) - Human thymine-DNA glycosylase (TDG), 200ul, >10^7 TU/mL

RC207113L1V Origene Technologies GmbH 200 µl Ask for price

Lenti ORF particles, TDG (Myc-DDK tagged) - Human thymine-DNA glycosylase (TDG), 200ul, >10^7 TU/mL

RC207113L3V Origene Technologies GmbH 200 µl Ask for price

Lenti ORF particles, Tdg (Myc-DDK-tagged ORF) - Rat thymine-DNA glycosylase (Tdg), 200ul, >10^7 TU/mL

RR206663L3V Origene Technologies GmbH 200 µl Ask for price

Anti-PON1 Clone KRJ1 (100 µg)

0801012 Zeptometrix 100 µg 292 EUR

Anti-PON1 Clone KRJ2 (100 µg)

0801014 Zeptometrix 100 µg 292 EUR

Lenti ORF particles, Tdg (GFP-tagged) - Mouse thymine DNA glycosylase (Tdg), transcript variant 2, 200ul, >10^7 TU/mL

MR223070L4V Origene Technologies GmbH 200 µl Ask for price

Lenti ORF particles, Tdg (GFP-tagged) - Mouse thymine DNA glycosylase (Tdg), transcript variant 1, 200ul, >10^7 TU/mL

MR206699L4V Origene Technologies GmbH 200 µl Ask for price

SUV39H2 Antibody (KTM1B)

F47078-0.08ML NSJ Bioreagents 0.08 ml 140.25 EUR

Lenti ORF particles, Tdg (Myc-DDK-tagged) - Mouse thymine DNA glycosylase (Tdg), transcript variant 2, 200ul, >10^7 TU/mL

MR223070L3V Origene Technologies GmbH 200 µl Ask for price

Lenti ORF particles, Tdg (Myc-DDK-tagged) - Mouse thymine DNA glycosylase (Tdg), transcript variant 1, 200ul, >10^7 TU/mL

MR206699L3V Origene Technologies GmbH 200 µl Ask for price

Closantel Dimer

C587385 Toronto Research Chemicals 25mg 3000 EUR

LIMITED QTY-Dinucleotide Standards Formamido Guanine Dimer d (PfpG) (50 µg)

0801210 Zeptometrix 50 µg 142.37 EUR

LIMITED QTY-Dinucleotide Standards Formamido Cytidine Dimer d (PfpC) (50 µg)

0801211 Zeptometrix 50 µg 142.37 EUR

LIMITED QTY-Dinucleotide Standards Formamido Adenine Dimer d (PfpA) (50 µg)

0801213 Zeptometrix 50 µg 142.37 EUR

Clomiphene Dimer

C587010 Toronto Research Chemicals 50mg 9200 EUR

Anti-Zika NS1 Clone 1D12 (100 µg)

0801025 Zeptometrix 100 µg 292 EUR

Anti-Zika Envelope Clone 4C7 (100 µg)

0801026 Zeptometrix 100 µg 292 EUR

BG dimer

T40322-10mg TargetMol Chemicals 10mg Ask for price

BG dimer

T40322-1g TargetMol Chemicals 1g Ask for price

BG dimer

T40322-1mg TargetMol Chemicals 1mg Ask for price

BG dimer

T40322-50mg TargetMol Chemicals 50mg Ask for price

BG dimer

T40322-5mg TargetMol Chemicals 5mg Ask for price

PGE1 Dimer

P380080 Toronto Research Chemicals 10mg 5000 EUR

SLURP1 Dimer

pro-2295 ProSpec Tany 2µg 60 EUR

Pertanto, gli agenti cancerogeni possono causare alterazioni ereditarie nei modelli di 5-metilcitosina in alcuni tipi di cellule mediante una varietà di meccanismi tra cui la formazione di addotti, l’induzione di siti apurina e le rotture di un singolo filamento e l’inattivazione diretta della DNA metiltransferasi.

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